Original:http://life.bio.sunysb.edu/morph/morphmet/geomorph.html

GeoMorph : пакет морфометрии в R для сбора и анализа геометрических морфометрических данных на ориентир. Ссылки, информация о пользователях и советы доступны в блогосфере Geomorph. Он также доступен на веб-сайте пакета CRAN. Для установки из Github требуется установка из стабильной ветки, а не Master. Попробуй это:
Devtools::install_github ("geomorphR/geomorph", ref="Стабильный")
Обратите внимание на параметр «Стабильный» в конце.

Геоморф обеспечивает процедуры для всех этапов геометрического морфометрического анализа. Он позволяет читать, манипулировать и оцифровывать данные 2D и 3D-ориентиров, формировать переменные формы через анализ Procrustes для точек, кривых и поверхностей, выполнять статистический анализ изменения формы и ковариации и предоставлять графические изображения форм и моделей изменения формы.

Большинство функций геоморфа предназначены для исследователей, заинтересованных в тестировании экологических и эволюционных гипотез изменения формы и
ковариации. Доступны следующие методы:

Данные
-проводка существующих файлов данных наземных ориентиров в R (nts, tps, формат Morphologika) -выражение 3D-ориентиров от поверхностных изображений в пределах R -установка отсутствующих ориентиров на образцах

форма
-Подтверждающие образцы с использованием GPA (как для ориентиров, так и для полуденных знаков)

Анализ
-Анова/регрессионные проекты
Анализ интеграции/модульности
-анализ фенотипических траекторий
-оценка филогенетического сигнала для данных формы

Визуализация
-разряды форм
Участки деформации
-плоскости аллометрических траекторий
-планирование филогении в пространстве формы

В ближайшие месяцы мы добавим дополнительные функции, представляющие интерес для эволюционных биологов.

Дин Адамс, профессор
Отдел экологии, эволюции и органниеской биологии Департамент статистики Государственного университета Айовы Эймс, Айова, 50011
www.public.iastate.edu/~dcadams/